Здесь описан процесс получения сертификатов letsencrypt в ручном режиме(это когда мы переносим сертификат на сервер вручную)

• Клонируем репо letsencrypt’а
  1	git clone https://github.com/letsencrypt/letsencrypt

• Запускаем генерацию командой:
  1	sudo -H ./letsencrypt-auto certonly --renew-by-default --manual -d www.МОЙ_ДОМЕН.com [-d МОЙ_ДРУГОЙ_ДОМЕН.com]